La segunda planta del Museo de Málaga contiene la colección de arqueología, con piezas que van desde la Prehistoria hasta la época andalusí, pasando por la Málaga romana y fenicia.
Varias piezas pertenecientes a la Colección Loringiana, algunas de ellas halladas en el Cortijo de Montañez.
xRestos óseos del Neolítico y piezas halladas en varias cuevas, como la de Nerja y Zafarraya.
xDestacan los ajuares de la Edad del Cobre de la Necrópolis de Alcaide (Antequera) y piezas del Dolmen de la Cuesta de los Almendrillos (Alozaina).
xPiezas de la necrópolis fenicia del siglo VII antes de Cristo, ubicada junto al río Algarrobo.
xPrimer enterramiento localizado en la Península con un individuo inhumado con indumentaria de un guerrero griego. En la misma sala destaca un casco de estilo corintio.
xPiezas de la época de esplendor romano de Malaca. Restos encontrados en el entorno de la calle Alcazabilla y de distintas partes de la provincia.
xMaderas de la Mezquita Mayor donde luego se levantó la Catedral y piezas procedentes de la Alcazaba, columnas, capiteles, lozas, etc.
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